1783年、エマヌエルは盲目の13歳の少年の訪問をうけます。このフリードリヒ・ルードヴィヒ・デュロン（1769−1826）という少年は、すでに評判高い天才少年と謳われるフルート奏者でした。少年はエマヌエルのイ短調の無伴奏ソナタの演奏を披露し、エマヌエルは大変感激します。「なんと不思議なことだろう！ ここに私の曲を、心を奪うように演奏をする子供がいる！ それに対して彼は一度もこのように演奏出来なかった！」との楽匠の述懐には、この“彼”が誰のことなのか、フリードリヒ大王のことかクヴァンツか、他のフルート吹きのことであるかは明確にされておらず謎が残りますが、それはともかく、デュロン少年の演奏に驚き魅了されたのです。エマヌエルは、このデュロンのためにト長調のハンブルガー・ソナタを作曲したといわれています。この曲は、若いベルリン時代の通奏低音付きソナタ群よりさらに彼独自の作風が進化し確立され、無駄な動きのない節約されたバス上に華麗にフルートが展開する、他に類のない一曲となりました。

3曲の四重奏曲は、ザラ・レヴィ（1761−1854）のために書かれました。ベルリン時代、エマヌエルは肩の凝る儀礼的な宮廷生活から離れ、多くの文化人たちと自由に交流するひと時を好みましたが、このザラ・レヴィという女性は、その集い“月曜クラブ”でエマヌエルと親交のあった裕福な銀行家であるイツィヒ家の娘で、メンデルスゾーンの大叔母にあたる人です。幼少より専門的にクラヴィーアを習い、晩年にベルリンに暮らしていたエマヌエルの兄、フリーデマン・バッハの唯一の弟子でもありました。アンナ・アマーリア皇女との交流を通じてJ.S.バッハの音楽にも親しみ、チェンバロ協奏曲やブランデンブルク協奏曲 第5番のチェンバロ・ソロなどを務めています。また親交深いエマヌエルの音楽をとても敬愛し、多くの自筆譜、手稿譜、オリジナル出版譜を収集しました。後にその大部分が友人のカール・フリードリヒ・ツェルターに託され、ベルリン・ジングアカデミーの書庫に寄贈されています。やがて彼女は教養ある市民、文化人、音楽家たちの集う自身のサロンを主宰し、19世紀のベルリン文化を華やかに彩りました。

彼女はエマヌエルの最晩年に、チェンバロとフォルテピアノという新旧の鍵盤楽器のための興味深い二重協奏曲を依頼します。おそらく老巨匠は、ザラ・レヴィの高い教養とその斬新な発想、冒険精神を愛で、刺激も受けたことでしょう。そしてさらに彼女が依頼した3曲の四重奏曲が、エマヌエル74年の人生最後の作品となりました。この奇抜な編成、クラヴィーア、フルート、ヴィオラという編成も、もしかしたらザラの発案かもしれません。ここでの四重奏曲という意味は、4人で演奏するというのではなく、四声の曲ということです。鍵盤奏者の右手と左手が二声を受け持ち、フルートとヴィオラがそれぞれ一声ずつの、合わせて四声です。後の出版譜にはチェロ等によるバス補強のためのパート譜が添えられているものもあります。トゥッティ的なフォルテの箇所などに低音を充実させることは効果的でしょう。資料としては、エマヌエルの未亡人の代わりに答えた、娘アンナ・カロリーナ・フィリッピーナ・バッハの「クラヴィーア・スコア以外にバス・パートは存在しません」との証言がありますが、興味深いことに当の未亡人、ヨハンナ・マリア・バッハが1790年に公開したエマヌエルの「遺産目録」には、クラヴィーア、フルート、ヴィオラとバス、と記載されています。どちらを取るか？それは結局のところ演奏者の自由な判断に委ねられることになるでしょう。